Prima dell’apertura del museo nel 2003, il giardino del chiostro era il cuore dell’edificio conventuale e faceva parte della clausura. Circondato dal porticato del chiostro, serviva alle suore come luogo di raccoglimento e preghiera silenziosa. Nei monasteri, i giardini dei chiostri simboleggiano il giardino dell’Eden. Come simbolo di eternità, vi si trova spesso una fontana circolare.

Accanto all’attuale cucina si trova l’orto nel cortile sud, con semenzai, una serra e una spirale per erbe. Le piante e le erbe coltivate riforniscono la cucina con ingredienti freschi e biologici per i pasti delle suore e degli ospiti. Ogni anno, nel giorno in cui ricorre la morte di Carlo Magno, le suore di Müstair si riuniscono in memoria davanti all’affresco raffigurante il re franco.

Sul lato nord del monastero, accanto alla Torre Planta, si trova il giardino superiore. Oltre ad alberi da frutto e cespugli di bacche, qui si coltivano verdure e insalate in ampi orti. Anche questi prodotti vengono serviti nei pasti delle suore e dei loro ospiti.