Vor der Einrichtung des Museums im Jahr 2003 war der Kreuzgarten das Zentrum des Klostergebäudes und Teil der Klausur. Umgeben vom umlaufenden Kreuzgang diente er den Nonnen als Ort der Einkehr und des stillen Gebets. In Klöstern symbolisieren Kreuzgärten den Paradiesgarten. Als Zeichen für die Ewigkeit findet sich häufig auch ein kreisförmiger Brunnen dort. 

In direkter Nähe zur heutigen Küche befindet sich der Küchengarten im Südhof. Dort sind Frühbeete, ein Glashaus und eine Kräuterspirale angelegt. Die dort wachsenden Pflanzen und Kräuter versorgen die Küche mit gesunden und biologischen Zutaten für die Mahlzeiten der Schwestern und Gäste. Jedes Jahr am Todestag Karls des Grossen versammeln sich die Schwestern von Müstair dort im Gedenken vor dem Wandbild des Frankenkönigs.

Im Norden des Klosters angrenzend an den Plantaturm liegt der Obere Klostergarten. Neben Obstbäumen und Beerensträuchern werden hier grossflächige Beete mit Gemüse und Salaten bewirtschaftet. Auch diese hauseigenen Produkte gelangen auf den Teller der Nonnen und ihrer Gäste.