Seit über 1200 Jahren ist sie Zentrum des Klosterlebens: die Klosterkirche mit ihren einzigartigen Fresken, die die Heilsgeschichte verkünden.
Anfänglich war das Schiff der Klosterkirche ein schlichter Saal mit glatten Wänden unter einer hölzernen Flachdecke. Die Kirche war bis in den kleinsten und hintersten Winkel bemalt, ein farbiges, glanzvolles Bilderbuch der biblischen Heilsgeschichte.
Die Gliederung der karolingischen Wandmalereien ist an der Nordwand am besten ersichtlich. Es gibt fünf Register und ein Raster von rechteckigen Feldern, in denen einzelne Szenen dargestellt werden.
Heute scheinen die karolingischen Fresken kontrastarm, in roten und erdfarbenen Tönen. Damit geben sie nur ein blasses Zeugnis ihrer ursprünglichen Leuchtkraft, Farbigkeit und Plastizität ab. Sie haben unter Bränden, Alterung und menschlichen Eingriffen gelitten.
Die Malereien wurden für gebildete Mönche gemalt, als visuelle Unterstützung bei deren Vertiefung in die Heilsbotschaft. Im Bildregister oberhalb des Gewölbes sind alttestamentliche Szenen aus dem Leben König Davids abgebildet. Die drei mittleren Register widmen sich der Kindheit Jesu, seiner Lehr- und Wundertaten und der Passion. Im untersten, fast völlig zerstörten Register werden dann Werk und Martyrium der apostolischen Nachfolger Christi dargestellt.
Das oberste Register der Ostwand, das heute von dem Gewölbe verdeckt ist, zeigt eine Himmelfahrtszene. In den Kalotten wird Christus dreimal repräsentiert: im Zentrum als Licht der Welt in der Glorie einer doppelten Mandorla, umgeben von den vier Evangelisten, begleitet von der Engelschar. In der nördlichen Kalotte übergibt Christus Schlüssel und Buch an Petrus und Paulus. Damit wird die Gründung der Kirche dargestellt. Das Gemmenkreuz in der Südapsis mit dem zentralen Christusmedaillon steht für Christi Triumph über den Tod. Die unteren Register der Apsiden sind den Titelheiligen der Altäre gewidmet: Johannes der Täufer in der Mitte, Petrus und Paulus im Norden, Stephanus im Süden. Die Westwand stellt die Wiederkehr des Gottessohnes dar, das letzte Gericht.
Obwohl Müstair gerade für seine karolingischen Wandmalereien bekannt ist, erlebten diese nur bescheidene Glanzzeiten, wurden sie doch sukzessive übermalt und überdeckt. Erst 1894 wurden sie durch die beiden Kunsthistoriker Josef Zemp und Robert Durrer wieder entdeckt. Freigelegt wurden sie dann zwischen 1947 und 1951.
