Beim Betreten der Klosterkirche fällt heute das spätgotische Gewölbe sofort auf. 1488-1492 liess Äbtissin Angelina Planta das Gewölbe, die Stützen und die Nonnenempore einbauen und so die Kirche zu einer dreischiffigen Hallenkirche umbauen. Damals waren die karolingischen Fresken weitgehend überstrichen und mit gotischen Malereien partiell übermalt.
Die Nonnenempore befindet sich heute im Klausurbereich. Im Sommer versammeln sich die Benediktinerinnen von Müstair dort fünf Mal am Tag zum monastischen Stundengebet. Besucher der Klosterkirche sind eingeladen dem Gebet der Nonnen zuzuhören und durch das Eintauchen in die Psalmen vielleicht selbst zu etwas Ruhe und zu innerem Frieden zu finden.
