Von 1947 bis 1951 wurde die Klosterkirche unter der Leitung des Architekten Walther Sulser und begleitet durch den damaligen Präsidenten der Eidgenössischen Kommission für Denkmalpflege Professor Linus Birchler restauriert. Restaurator Franz Xaver Sauter holte mit der Unterstützung des Administrators Pater Placidus Berther und einiger Klosterfrauen die mittelalterlichen Malereien hervor. Das Freilegen mit Spachtel und Hämmerchen verursachte etliche Farbverluste, Fehlstellen wurden geschlossen und farblich eingestimmt, einzelne Szenen wurden in verschwommener Andeutung vervollständigt.
Die Datierung des karolingischen Wandmalereizyklus ist nicht exakt festgelegt. Die Kunsthistoriker schlagen die erste Hälfte des 9. Jahrhunderts vor. Fest steht, dass die Malereien alle Wände bis in den letzten Winkel bedeckten. Die Gliederung des karolingischen Bilderzyklus ist heute noch an der Nordwand am besten ersichtlich.
In den Apsiden wurde die oberste Zone der romanischen Wandbilder abgenommen. Sie hafteten nicht mehr gut auf dem Untergrund. Die romanischen Bilder in den Apsiskalotten waren wohl im Laufe der Zeit bis auf wenige Reste bereits abgefallen.
Einige der abgenommenen Bilder sind heute im Klostermuseum zu sehen. Diese Wandmalereien entstanden um 1200, als das ursprüngliche Männerkloster zum Frauenkonvent wurde.
