L'église abbatiale fut restaurée entre 1947 et 1951 sous la direction de l'architecte Walther Sulser et la supervision du Prof. Linus Birchler, alors président de la Commission fédérale des Monuments historiques. Le restaurateur Franz Xaver Sauter dégagea les fresques médiévales aidé en cela par le père administrateur du couvent, Placidus Berther, et par quelques-unes des moniales. Ce travail effectué à la massette et au ciseau occasionna des pertes importantes dans la couche picturale. Les lacunes furent colmatées et intégrées, des scènes fragmentaires complétées de manière suggérée.
La datation du cycle de fresques carolingiennes n'est pas déterminée avec exactitude. Les historiens de l'art suggèrent la première moitié du 8ème siècle. Les parois étaient peintes jusqu'au dernier recoin. L'agencement des fresques carolingiennes est bien visible sur la paroi nord.
Dans les absides, la partie supérieure des fresques romanes fut déposée; elles ne tenaient plus que lâchement au support. Les peintures romanes des calottes s'étaient quant à elles déjà détachées au cours du temps.
Quelques-unes des images déposées sont aujourd'hui visibles dans le musée du monastère. Deux scènes font actuellement partie de l'exposition permanente du Musée historique allemand de Berlin, de même qu'une copie de la statue en stuc de Charlemagne; d'autres encore sont en dépôt dans les collections du couvent à Müstair.
Ces peintures furent réalisées autour de 1200, quand la communauté de moines fut relevée par un couvent de femmes.
