La légende raconte que Charlemagne, rentrant de son sacre comme roi des Langobardes, passa par le proche col de l'Umbrail où il fut pris dans une violente tempête de neige. En reconnaissance pour avoir réchappé du danger, il fit voeu de fonder le monastère de Müstair, ce dont atteste sa statue en stuc dans l'église abbatiale. A l'origine couvent de moines, c'est une communauté de moniales depuis le 12ème siècle. Le complexe monastique est habité sans discontinuer depuis plus de 1200 ans.
Müstair est le village le plus oriental de Suisse. La vallée du même nom débouche dans le Vinschgau voisin, appartenant au Tyrol du Sud italien. Le rhéto-romanche est la langue officielle locale; le toponyme "Müstair" - ou "Münster" en allemand - est d'ailleurs issu du latin "monasterium". Le couvent a donc donné son nom à la localité ainsi qu'à la vallée.
Durant ses plus de 1200 ans d'existence, le complexe monastique n'a jamais été complètement démoli puis rebâti, mais toujours partiellement rénové et transformé. Il se présente aujourd'hui sous forme d'un ensemble de bâtiments d'époques et de styles différents, qui se fondent en un tout harmonieux. L'église abbatiale et la chapelle de la Sainte-Croix datent encore de l'époque de fondation (8ème siècle). La tour Planta (10ème siècle) et la résidence épiscopale du 11ème siècle ne sont que quelques-uns des autres joyaux architecturaux que le monastère renferme.
L'ensemble du couvent a été inscrit sur la liste des biens culturels du Patrimoine mondial de l'UNESCO en 1983. A l'époque, le complexe était passablement délabré. Soeur Pia Willi, prieure de la communauté de 1986 à 2013, se souvient par exemple que les toits fuyaient et que les nonnes disposaient de nombreux seaux en prévision de la pluie. Elle-même et ses consoeurs furent surprises que des bâtiments aussi décatis soient élevés au rang de Patrimoine mondial par l'UNESCO. Toutefois, depuis 1969 déjà, la Fondation "Pro Kloster St. Johann in Müstair"avait entrepris la restauration et la conservation du couvent.
L'argument principal pour l'inscription sur la liste du Patrimoine mondial de l'UNESCO fut le cycle de peintures murales de l'église. Il s'agit du plus grand ensemble connu de fresques du Haut Moyen Âge, ainsi que du mieux conservé. Grâce à des fouilles archéologiques de longue haleine, d'autres chefs-d'oeuvre historiques et architecturaux ont été découverts: la tour Planta, plus ancien donjon des Alpes, la chapelle de la Sainte-Croix, elle aussi carolingienne, la résidence épiscopale du premier roman, pour ne citer que les plus importants.
À l'époque carolingienne, l'église était entièrement peinte et une grande partie des fresqes carolingiennes est encore visible aujourd'hui. Un film a été réalisé en 2013 pour l'exposition "Charlemagne et la Suisse" au Musée national suisse. Concept et réalisation par Denise Tonella. Le film a été tourné dans l'église du monastère St. Jean à Müstair.
Le monastère St. Jean à Müstair est situé à la pointe la plus orientale de la Suisse, à la frontière avec le Tyrol du Sud (I), au milieu des Alpes. Le monastère n'est pas seulement un site du patrimoine mondial de l'UNESCO mais aussi et surtout un centre de spiritualité bénédictine. Il est encore aujourd’hui habité par des sœurs bénédictines.
