Jusqu'à la fin des années 1990, les mesures d'assainissement et de rénovation courante constituaient l'essentiel des activités financées par la Fondation. Au cours de plusieurs campagnes de travaux clairement déterminées, les conditions de vie des moniales furent améliorées et les infrastructures agricoles modernisées, s'agissant d'une des principales sources de revenus du monastère. Aujourd'hui, les restaurations se poursuivent sous forme de projets ponctuels, non sans intérêt pour les donateurs qui peuvent ainsi se faire une idée concrète des buts visés et de l'utilisations des moyens financiers qu'ils mettent à disposition.
Un tournant décisif eut lieu en 1983, lorsque le monastère Saint-Jean-Baptiste fut classé au Patrimoine mondial de l'UNESCO, en même temps que la vieille ville de Berne et l'abbaye de Saint-Gall. Müstair bénéficia dès lors d'une visibilité accrue, ayant pour conséquence immédiate une augmentation sensible du nombre de visiteurs. Conjointement, l'action de la Fondation prit une nouvelle dimension. Le soutien apporté au couvent ne devait plus se concevoir au seul niveau régional, mais bien national voire international.
En 2008, lorsque la ligne Thusis-Tirano des Chemins de fer rhétiques rejoignit elle aussi la liste du Patrimoine mondial, la recherche de synergies entre le monastère et les organismes de tourisme devint un enjeu capital. Les activités de communication et d'information prirent une importance accrue. Depuis lors, la responsable de ce domaine, Elke Larcher-Gasperi, a développé de multiples programmes de sensibilisation pour le monastère auprès du public, des médias et de nombreuses personnalités et institutions intéressées à l'avenir du couvent.
En 2010, la réserve de biosphère UNESCO du Parc national suisse fut élargie à l'entier du Val Müstair. De plus, la fusion des communes et la nouvelle structure politique de la vallée, mais aussi le développement planifié du réseau routier dans l'environnement immédiat du monastère ou les nécessaires adaptations aux normes de production agricole, impliquent un accroissement constant des responsabilités et du champ d'action de la Fondation dans son soutien au couvent de Müstair. La politique agricole, notamment, comme les nouveaux critères de production du lait de fromagerie par exemple, peut influer considérablement sur l'équilibre des finances du monastère. Dans ce cadre, et afin de mieux connaître et maîtriser ces facteurs externes, la Fondation a mandaté des expertises techniques ciblées.
Enfin, dans l'optique de garantir à Müstair son statut de lieu de recherche et de continuer à le développer, la Fondation a conclu un accord avec l'Institut d'histoire de l'art de l'Université de Berne.
