Fino alla fine degli anni novanta le attività della Fondazione si sono incentrate sul risanamento e la manutenzione del complesso conventuale. La qualità ella vita delle suore è stata notevolmente migliorata ad ogni tappa di intervento e tutto il settore agricolo è stato ottimizzato, tanto da diventare una delle risorsa principali del convento. Oggigiorno si incentivano gli interventi per progetti mirati, che per i donatori non sono meno interessanti, poiché in questo modo riescono ad ottenere una visione chiara di come vengono impiegati i loro contributi.
Nel 1983, quando il monastero San Giovanni fu iscritto sulla lista del Patrimonio Mondiale UNESCO, congiuntamente alla città vecchia di Berna e all'Abbazia di San Gallo, ci fu un punto di svolta. La notorietà legata al riconoscimento del fascino di questo monumento culturale, ha da subito avuto una ripercussione positiva sul numero di visitatori, che ha evidentemente aperto nuove prospettive alla Fondazione. Il sostegno per il Monastero doveva a quel punto svolgersi non più solamente in un contesto regionale, bensì in un contesto transfrontaliero.
Nel 2008 il tratto della Ferrovia retica tra Thusis e Tirano è ugualmente stato iscritto sulla lista del Patrimonio Mondiale, favorendo nuove sinergie tra il Monastero e la promozione turistica. La comunicazione e la mediazione hanno assunto un’importanza accresciuta. L’attuale direttrice di questo settore, Elke Larcher Gasperi, ha promosso un programma variegato, per sensibilizzare l’opinione pubblica, ma anche appassionanti e istituzioni affini, sul valore del Monastero di San Giovanni.
Il campo d’azione della Fondazione è stato poi ulteriormente esteso, in seguito al riconoscimento nel 2010 della riserva di biosfera situata nella Valle Monastero, originariamente inglobata nel parco nazionale svizzero. Inoltre le attività per la protezione del monastero hanno spaziato in modo sempre più ampio, viste le esigenze politiche emergenti della Valle Monastero, la pianificazione stradale nelle vicinanze del complesso conventuale e le modifiche nel settore della produzione agricola.
Per esempio fattori di politica agraria, come il futuro della produzione del latte e del formaggio nella Valle Monastero, possono avere ripercussioni dirette a seconda delle relative decisioni, con conseguenti sgravi sulla situazione economica del monastero. Con l’obiettivo di avere a disposizione criteri di valutazione adeguati, la Fondazione ha commissionato delle perizie specializzate.
Inoltre avendo l’intenzione di mantenere e consolidare Müstair quale centro di ricerca, si è stabilito con l’Istituto di storia dell’arte dell’Università di Berna, un accordo scientifico in tal senso.
