Nel tentativo di riunire persone particolarmente legate e vicine al monastero e quindi al patrimonio culturale mondiale, nel 1998 è stata fondata l'Associazione degli Amici del Monastero di San Giovanni a Müstair. Ne fanno parte circa 450 membri. Grazie alle quote associative, alle donazioni e ai lasciti, l'associazione è in grado di cofinanziare progetti di restauro. I contributi sono esenti da tasse, e i membri sono periodicamente informati sui progressi del restauro attraverso newsletter.
I contributi annuali sono utilizzati interamente per la realizzazione dei progetti della Fondazione. L'assemblea generale annuale ha luogo a Müstair. I partecipanti hanno la possibilità di essere informati da esperti competenti (archeologo cantonale, conservatore dei monumenti del cantone dei Grigioni o direttore scientifico della Fondazione) sugli ultimi progressi del restauro. A intervalli regolari si tengono anche eventi nella Svizzera centrale, che sono dedicati a un tema legato a Müstair.
