Dal 1947 al 1951 la chiesa fu restaurata sotto la direzione dell'architetto Walther Sulser seguito dal presidente della commissione federale della tutela dei monumenti e beni culturali, il professor Linus Birchler. Il restauratore Franz Xaver Sauter aiutato dall'amministratore Pater Placidus Berther e da alcune suore, mise allo scoperto le pitture medievali. Il lavoro di scoperta con spatola e martello causò in parte la perdita di colore. I difetti furono restaurati e ricolorati in sintonia e le singole scene furono vagamente completate.
È difficile datare con esattezza il ciclo carolingio. Gli storici dell'arte tendono a ricondurlo alla prima metà del IX secolo. Gli affreschi coprivano tutte le superfici interne e la ripartizione del ciclo carolingio è ancora oggi ben visibile sulla parete nord.
Le pitture romaniche della parte superiore delle apsidi sono state rimosse visto che non aderivano più bene al substrato e si erano ridotte, con il passare del tempo, a dei frammenti.
Alcune delle immagini rimosse sono ora esposte nel museo del convento. Due scene fanno parte, insieme con un calco della statua di Carlo Magno di Müstair, di un'esposizione permanente al Deutschen Historischen Museum di Berlino. Altre sono conservate nei depositi del convento di San Giovanni a Müstair.
Queste pitture murali sono state realizzate nel 1200 quando il monastero maschile divenne convento feminile.
