La chiesa con i suoi affreschi unici, che proclamano la storia della salvezza, è il centro della vita monastica da oltre 1200 anni.
Inizialmente la navata della chiesa era una semplice stanza con pareti lisce e un soffitto piano di legno. È stata dipinta nei minimi e più remoti angoli e appare come un colorato e splendido libro illustrato della storia della salvezza biblica.
La ripartizione delle pitture murali carolingie è più visibile sulla parete settentrionale. I dipinti si compongono da cinque registri e un reticolo con cornici rettangolari in cui sono rappresentate singole scene.
Oggi gli affreschi carolingi appaiono deboli nei contrasti dei toni rossi e dei colori terra. Ci danno quindi solo una pallida testimonianza della loro luminosità, plasticità e colore originali. Hanno sofferto incendi, il passare del tempo e diversi interventi umani.
Il ciclo di affreschi non era concepito come Bibbia illustrata per i "villani", ma piuttosto come un sostegno visuale della storia della salvezza e per la meditazione di monaci colti. I cinque registri delle pareti laterali raffigurano episodi biblici. Il primo, situato sopra le volte, ripercorre la storia di re Davide. I tre registri centrali descrivono la vita di Gesù, richiamando le descrizioni del Nuovo Testamento. Dall'alto verso il basso si trovano immagini dell'infanzia, dei miracoli, degli insegnamenti e della passione di Cristo e più sotto, quasi completamente rovinate, scene delle opere e del martirio degli apostoli.
l registro superiore della parete orientale, sopra le apsidi, coperto dalle volte, è occupato da un'ampia Ascensione. Le absidi accolgono temi particolarmente ricchi che si prestano a essere letti come un trittico, partendo dal centro verso i lati e dall'alto al basso. Nelle tre calotte figura il Cristo, non più nella sua manifestazione storica, bensì al vertice del suo attuale regno cosmico. Al centro, nella mandorla, compare sul trono, in gloria, circondato dai simboli dei quattro evangelisti e dai cori degli angeli. Nella calotta nord Cristo consegna agli apostoli Pietro e Paolo due chiavi e un libro, affidando così loro simbolicamente la guida della Chiesa. Nel catino dell'abside sud una croce gemmata con un medaglione con il busto del Messia raffigura la vittoria di cristo sulla morte. Nei registri inferiori delle absidi sono raffigurate scene delle vite dei santi ai quali sono consacrati gli altari: Giovanni Battista al centro (precursore di Cristo), Pietro e Paolo a nord (capi della Chiesa romana) e Stefano (primo martire). La parete ovest ospita il ritorno del Figlio di Dio e il Giudizio Universale.
Anche se Müstair è principalmente conosciuto per le sue pitture murali carolingie, queste ebbero un ristretto periodo di splendore e vennero a più riprese coperte e ridipinte. Solo nel 1894 sono state scoperte dagli storici dell'arte Josef Zemp e Robert Durrer e ripristinate allo stato originale tra il 1947 e il 1951.
