Depuis plus de 1200 ans, l'église est le centre de la vie monastique; ses fresques uniques racontent l'histoire du salut.
A l'origine, la nef était une vaste salle aux murs lisses, surmontée d'un plafond plat en bois. Les parois étaient peintes jusqu'au dernier recoin, tel un chatoyant livre d'images dépeignant l'histoire du salut biblique.
L'agencement des fresques carolingiennes est bien visible sur la paroi nord. Sur cinq registres superposés, la surface est divisée en champs rectangulaires, contenant chacun une scène unique.
Les teintes aujourd'hui terreuses et peu contrastées ne font pas honneur à la plasticité et à la richesse chromatique d'origine, altérées par les incendies, le vieillissement et la main de l'homme.
Les peintures ont été conçues pour des moines lettrés, comme support visuel dans la méditation du mystère du salut. Le registre situé au-dessus des voûtes présente des scènes de l'Ancien Testament issues de la vie du roi David. Les trois registres médians sont dédiés à l'enfance de Jésus, à son ministère (enseignement et miracles) et à sa passion. Dans le registre inférieur, presque entièrement détruit, sont présentés l'oeuvre et le martyre des successeurs du Christ, les apôtres.
Le registre supérieur de la paroi orientale, aujourd'hui caché par le voûtement, montre une scène d'Ascension. Dans les calottes, le Christ est représenté trois fois: au centre comme lumière du monde, nimbé dans la gloire d'une double mandorle, entouré des quatre Evangélistes et accompagné de nuées d'anges. Dans la calotte nord, le Christ remet le livre et les clés aux saints Pierre et Paul, symbolisant la fondation de l'Eglise. Dans l'abside sud, la croix gemmée dont le Christ orne le médaillon central manifeste la victoire du Fils de Dieu sur la mort. Les registres inférieurs des absides sont dédiés aux saints titulaires des autels: Jean-Baptiste au centre, Pierre et Paul au nord, saint Etienne au sud. La paroi ouest illustre le retour du Fils de Dieu, en un monumental Jugement dernier.
Bien que Müstair soit avant tout connu pour ses peintures murales carolingiennes, leur éclat fut rapidement éclipsé, puisqu'elles furent successivement surpeintes, puis badigeonnées. Ce n'est qu'en 1894 qu'elles furent redécouvertes par les historiens de l'art Josef Zemp et Robert Durrer; leur dégagement n'eut lieu qu'entre 1947 et 1951.
