En pénétrant aujourd'hui dans l'abbatiale, on remarque d'emblée le voûtement du gothique tardif. Il fut construit entre 1488 et 1492 par l'abbesse Angelina Planta, avec ses piliers et la tribune des soeurs, transformant l'église en une halle à trois nefs. A cette époque, les fresques carolingiennes étaient en majeure partie badigeonnées et partiellement recouvertes de peintures gothiques.
La tribune des soeurs appartient aujourd'hui à l'espace de la clôture. En été, les bénédictines de Müstair s'y rassemblent cinq fois par jour pour célébrer la liturgie monastique des heures. Les visiteurs de l'église sont invités à partager la prière des moniales, et par immersion dans la psalmodie, a trouver peut-être eux-mêmes la quiétude et la paix intérieures.
