Le 7 avril 1810 mourut Augustina Wolf, la dernière abbesse du couvent de Müstair. Originaire d'Algund, élue en 1806 alors qu'elle était la plus jeune des moniales, elle n'occupa sa charge que trois ans et quatre mois. Sa crosse abbatiale est aujourd'hui exposée au musée.
A la mort d'Augustina Wolf, le Corpus catholicum grison souhaitait supprimer le couvent. En attendant, l'élection d'une nouvelle abbesse et l'admission de novices furent entravées. Le dernier prince-évêque de Coire, Karl Rudolf von Buol-Schauenstein, ainsi que la commune de Müstair soutinrent le couvent, arguant notamment de son importance religieuse et économique. L'existence du monastère était certes sauvée, mais plus aucune abbesse ne représentera la communauté.
Seraphina Albrecht aus Brixen übernahm 1810 das Priorat. Seither haben 25 Priorinnen das Kloster geleitet. 1824 eröffnete das Corpus Catholicum dem Grossen Rat aufs Neue den Wunsch, das Kloster St. Johann in Müstair aufzuheben. Der Bischof von Chur und die Gemeinde Müstair setzten sich wiederum für das Weiterbestehen des Klosters ein.
En 1828, le Grand Conseil décida la nomination d'un trésorier, qui devait contrôler les comptes du monastère chaque année. Toute entrée dans les ordres devait être approuvée par le gouvernement. Les ressortissantes des Grisons payaient 1'500 florins pour leur admission, celles d'autes cantons 2'000 florins et les étrangères 4'000 florins. Etant donné que le couvent comptait de nombreuses soeurs issues du Tyrol du Sud voisin, ces mesures contrarièrent de nouvelles admissions. Le nombre des religieuses est de nouveau augmenté à partir de 1832; en 1955 il y avait 31 bénédictines dans le couvent de Müstair. En 2014 la communauté compte neuf soeurs et une soeur des Philippines qui aide temporairement.
