Il 7 aprile 1810 muore l'ultima badessa dell'abbazia di San Giovanni a Müstair, Augustina Wolf di Lagundo. Nel 1806 era la badessa più giovane badessa del coro e rimase in funzione solamente tre anni e quattro mesi. La testimonianza della sua carica è oggi esposta nel museo.
In seguito alla scomparsa di Augustina Wolf, il Corpus Catholicum dei Grigioni volle chiudere il complesso monastico. L'ultimo vescovo principe di Coira, Rudolf von Buol-Schauenstein e il comune di Müstair si schierarono in favore del convento, in particolare a causa della sua importanza sul piano religioso ed economico. La sua esistenza fu quindi salvata con la condizione che nessuna badessa doveva essere nominata.
Seraphina Albrecht di Bressanone riprese il priorato nel 1810. Da allora venticinque priore hanno diretto il convento. Nel 1824 il Gran Consiglio del Corpus Catholicum ha nuovamente espresso il desiderio di chiudere il complesso monastico di San Giovanni a Müstair. Il vescovo di Coira e il comune di Müstair si schierarono di nuovo in favore dell'esistenza del convento.
Nel 1828 il Gran Consiglio decise di introdurre un tesoriere al fine di controllare annualmente le finanze. Ogni nuova registrazione doveva essere approvata dal governo. I grigionesi pagarono 1'500 fiorini per la loro accoglienza, altri cantoni 2'000 fiorini e gli stranieri fino a 4'000. Il convento aveva molte suore dal vicino Tirolo e in seguito a queste misure, la loro accoglienza divenne più complicata. Dal 1832 il numero di suore aumentò di nuovo, nel 1955 nel convento si contano trentuno benedettine e nel 2014 9 e una suora filippina.
