Am 7. April 1810 starb die bisher letzte Äbtissin des Klosters St. Johann in Müstair, Augustina Wolf aus Algund (Südtirol, I). 1806 als jüngste Chorfrau zur Äbtissin gewählt, war sie nur drei Jahre und vier Monate im Amt. Ihr Äbtissinnenstab ist heute im Museum ausgestellt.
Nach Augustina Wolfs Tod wollte das bündnerische Corpus Catholicum die Aufhebung des Klosters. Die Wahl einer neuen Äbtissin und die Aufnahme von Novizinnen wurden einstweilen verhindert. Der letzte Fürstbischof von Chur, Karl Rudolf von Buol-Schauenstein, und die Gemeinde Müstair standen aber für das Kloster ein, nicht zuletzt wegen seiner religiösen und wirtschaftlichen Bedeutung. Die Existenz des Klosters war zwar gerettet, aber es sollte bis heute keine Äbtissin mehr dem Kloster vorstehen.
Seraphina Albrecht aus Brixen (Südtirol, I) übernahm 1810 das Priorat. Seither haben 26 Priorinnen das Kloster geleitet. 1824 eröffnete das Corpus Catholicum dem Grossen Rat aufs Neue den Wunsch, das Kloster St. Johann in Müstair aufzuheben. Der Bischof von Chur und die Gemeinde Müstair setzten sich wiederum für das Weiterbestehen des Klosters ein.
1828 beschloss der Grosse Rat, einen Kastenvogt einzusetzen. Er sollte jährlich die Finanzen des Klosters kontrollieren. Jede Neuaufnahme musste von der Regierung genehmigt werden. Bündnerinnen bezahlten 1’500 Gulden für ihre Aufnahme, Kantonsfremde 2‘000 Gulden und Ausländerinnen sogar 4'000 Gulden. Das Kloster hatte viele Nonnen aus dem benachbarten Tirol. Ihnen wurde die Aufnahme mit dieser Massnahme erschwert. Bereits ab 1832 stieg aber die Anzahl der Nonnen wieder, 1955 waren 31 Benediktinerinnen im Kloster, 2020 sind es neun. Sie kommen aus der Schweiz, dem Südtirol und Deutschland.
