Das Klostermuseum war ursprünglich im Fürstenzimmer im Westtrakt der Klosteranlage untergebracht. Am 13. Juli 2003 konnte das neu konzipierte Museum im Plantaturm eröffnet werden. Es ist täglich geöffnet und bietet Führungen in deutscher, italienischer, englischer, französischer und rätoromanischer Sprache an. Eine Vielzahl von Talbewohnerinnen konnten für eine Mitarbeit im Museum gewonnen werden.
Neben den statischen Abklärungen und den baulichen Massnahmen wurde auch archäologisch geforscht. Diese Untersuchungen enthüllten die faszinierende Baugeschichte des Turms. Entgegen früherer Annahmen stammt der Plantaturm nicht etwa aus der Regierungszeit der Äbtissin Angelina Planta (1478-1509), sondern ist 600 Jahre älter. Die Archäologen fanden im Mauerwerk Armierungshölzer, welche dank der Jahrringanalyse datiert werden konnten. Die Hölzer wurden im Herbst/Winter 957/958 und im Frühjahr 961 gefällt. Damit ist der Turm der älteste Wohn- und Wehrturm im Alpenraum.
Das Museumskonzept stammt von Raphael Sennhauser, Kunsthistoriker und ehemaliger Geschäftsleiter der Stiftung Pro Kloster St. Johann in Müstair. Er wollte sich auf das Wesentliche konzentrieren und nur wenige Objekte zeigen. Damit sollten die Räume für sich selber sprechen. Das Klosterleben sowie die Kunst- und Baugeschichte finden ihren Platz im Plantaturm. Zudem konnte auch die Nähe zur Kirche mit ihren weltberühmten Fresken geschaffen werden.
Am 24. September 1994 führte ein leichtes Erdbeben zu beträchtlichen Schäden in der benachbarten Fürstenburg in Burgeis im Südtirol. Auch der Plantaturm wies etwa gleich grosse Risse wie die Fürstenburg auf; die Einsturzgefahr bei einem erneuten Erdbeben wäre gross gewesen. Der Turm musste saniert werden, was erhebliche finanzielle Mittel erforderlich machte.
Die bisherige Verwendung als Depot war zu schade für die neu restaurierten Räume. Deshalb schlug die Stiftung Pro Kloster St. Johann in Müstair vor, das Klostermuseum in den Plantaturm zu verlegen und neu zu konzipieren. Der Konvent stimmte diesem Vorhaben zu.
