Wie die Legende berichtet, wurde das Kloster St. Johann in Müstair von Karl dem Grossen gegründet. Nach seiner Krönung zum König der Langobarden zog er über den Umbrailpass zwischen Bormio und Santa Maria, kam in einen Schneesturm, entrann ihm und gelobte so die Gründung eines Klosters. Die archäologischen Forschungen stützen die Kernaussage der Legende: Die Bauhölzer im originalen Mauerwerk der Kirche wurden 775 gefällt, ein Jahr nach der Krönung Karls des Grossen zum Langobarden-König.
Müstair war ein wichtiger Stützpunkt für die Expansionspolitik des Frankenherrschers. Aber Karl der Grosse stiftete das Kloster nicht nur aus strategischen Überlegungen, sondern er wollte Kunst und Kultur sowie das religiöse Leben in seinem Reich aufleben lassen.
Das Kloster St. Johann war Glaubenszentrum und Vorbild für ein monastisches Leben nach der Regel des Heiligen Benedikts. Zudem beherbergte das Kloster Passreisende ins Veltlin, Tirol und Engadin. Es diente auch dem Bischof von Chur als Zweitresidenz südlich der Alpen und als Verwaltungszentrum seiner weltlichen Herrschaft.
Laut einer St. Galler Handschrift zählte das Kloster um die Mitte des 9. Jahrhunderts 45 Mönche. Bald aber wurde der Konvent kleiner, und um die Mitte des 12. Jahrhunderts lösten Nonnen die Mönche ab. Diese waren möglicherweise in das nahe gelegene Kloster Marienberg im benachbarten Vinschgau (Südtirol) ausgewandert. Seither wird das Kloster in Müstair von Benediktinerinnen bewohnt. Das benediktinische „ora et labora e lege“ wird bereits über 1200 Jahre im Kloster St. Johann täglich gelebt.
