Bischof Hartmann liess 1035 seine Müstairer Residenz im Kloster neu bauen. Es entstand eine elegante Gebäulichkeit mit Atrium. Grosse Portale ermöglichten das Durchschreiten des Mittelturms der Residenz, um auf gerader Linie durch das Atrium in den Nordannex und so in die Kirche zu gelangen. Der nachfolgende Bischof Thietmar unterbrach 1040 diese Achse und baute eine doppelgeschossige Kapelle, die Ulrichs- und die Niklauskapelle.
Die Ulrichskapelle im Erdgeschoss wurde um 1100 mit Fresken und Stuckaturen ausgestattet. Ein von gemalten Meereswesen bevölkerter Rundbogen markiert den Eingang in den Chor.
Die Niklauskapelle befindet sich über der Ulrichskapelle und war ursprünglich flach gedeckt mit begleitender Mäandermalerei. Um 1200 wurde auch hier, wie in der Klosterkirche, die Ostseite neu ausgemalt. Das Altarretabel von 1758 enthält ein Ölbild der Heiligen Ursula, Patronin der Äbtissin Ursula Karl von Hohenbalken, die den Raum um 1645 als Privatkapelle für den Fürstbischof herrichten liess. Heute dient die Kapelle als Totenkapelle der Schwestern.
