Im zweiten Koalitionskrieg, in welchem Frankreich gegen Russland und Österreich kämpfte, wurde das Val Müstair zum Kriegsschauplatz. Die Klosterfrauen flohen nach Algund und Meran im benachbarten Südtirol. Während etwa hundert Tage blieben die Klosterfrauen abwesend, und so war das Kloster in dieser Zeit den Kriegsparteien ausgeliefert.
Als die Nonnen zurückkehrten, hatten sie den Eindruck, als ob das Kloster zwanzig Jahre nicht mehr bewohnt gewesen sei. Die Knechtestube war als Pferdestall benutzt worden, die Küche als Metzgerei, das Fürstenzimmer als Schusterei, der Kreuzgang sah wie eine Küche aus, der Konvent war zum Büro des Militärs umfunktioniert worden. In der Kirche war die Orgel zerstört, die Kirchenbänke waren verbrannt, die Altäre beschädigt, die Dächer hatten gelitten. Vieles war verschwunden, u.a. auch das Ostensorium mit der Heiligblutreliquie.
