Durante la seconda guerra di coalizione, che vide i francesi lottare contro i russi e gli austriaci, la valle Monastero divenne un vero e proprio teatro di guerra. Le suore del convento fuggirono nel vicino Tirolo a Lagundo e Merano. Durante il centinaio di giorni che le suore furono assenti, il convento fu preso dalle frazioni in guerra.
Al ritorno delle suore, il complesso conventuale dava l'impressione di non essere stato abitato da almeno vent'anni. La stanza dei servi era stata utilizzata come stalla per i cavalli, la cucina come macelleria, la sala del principe come deposito per le scarpe, il chiostro sembrava una cucina, il convento era stato convertito in ufficio dei militari. Nella chiesa l'organo era stato distrutto, i banchi bruciati, gli altari danneggiati e anche i tetti avevano sofferto. Diversi oggetti scomparirono, tra i quali l'ostensorio con la reliquia.
