Il museo del convento era originariamente allestito nella stanza del principe nell'ala occidentale del complesso. Il 13 luglio 2003 fu aperto il nuovo museo nella torre Planta. Il museo è aperto tutti i giorni e offre visite guidate in tedesco, italiano, inglese, francese e in lingua romancia. Un gran numero di abitanti della valle ha collaborato con il museo.
Oltre alle indagini in merito alla struttura della costruzione la torre venne anche studiata dal punto di vista archeologico. Queste ricerche hanno rivelato l'affascinante storia architettonica della torre. Contrariamente alle ipotesi precedenti, la torre non data del periodo in cui Angelina Planta fu badessa (1478-1509), ma è ben 600 anni più antica. Gli archeologi prelevarono un campione di legno dai muri della torre e ne misurarono le diverse ampiezze degli anelli, concludendo che gli alberi furono impiegati nell'autunno/inverno del 957/958 e nella primavera del 961. La torre è quindi da considerare come la più antica torre abitativa e difensiva delle Alpi.
Il nuovo concetto del museo fu concepito da Raphael Sennhauser, storico dell'arte ed ex direttore della Fondazione Pro Kloster San Giovanni a Müstair. Voleva concentrarsi sull'essenziale ed esporre pochi oggetti. Per questo motivo gli spazi interni dovevano parlare per sé. La vita del convento come pure l'arte e l'architettura trovano il loro posto nella torre Planta. Inoltre, fu anche messa in valore la vicinanza alla chiesa con i suoi affreschi rinomati a livello mondiale.
Il 24 settembre 1994 ci fu un leggero terremoto che causò diversi danni al Castello del Principe a Burgusio nel vicino Alto Adige. La torre Planta subì dei danni molto simili e il rischio di un crollo nel caso di un nuovo eventuale terremoto era molto alto. La torre dovette essere stabilizzata e ingenti somme di denaro furono necessarie.
Dopo il restauro delle stanze si decise di non utilizzarle come deposito come in precedenza. La Fondazione Pro Kloster San Giovanni a Müstair suggerì di rinnovare e trasferire il museo nella torre Planta e il convento accettò questo progetto.
