Durant la deuxième Guerre de coalition, où la France affronta la Russie et l'Autriche, le Val Müstair subit lui aussi les hostilités. Les soeurs s'enfuirent à Algund et Merano dans le Tyrol du Sud. Durant les cent jours que dura leur absence, le monastère fut livré aux parties en conflit.
Lorsque les nonnes revinrent, elles eurent l'impression que le monastère n'avait plus été habité durant vingt ans. Le logement des valets avait été utilisé comme écurie, la cuisine comme boucherie, les appartements de l'évêque comme cordonnerie, le cloître avait été transformé en cuisine et la salle commune en bureau des militaires. Dans l'église, l'orgue était détruit, les bancs brûlés, les autels endommagés, même les toits avaient souffert. Beaucoup d'objets avaient disparu, entre autres l'ostensoir contenant la précieuse hostie.
