En 1758, sous l'abbatiat de Maria Angela Katharina von Hermanin zu Reichenfeldt, l'actuelle chapelle des Grâces fut construite pour abriter la dévotion à une précieuse hostie sanglante. L'histoire de cette hostie miraculeuse remonte à des événements survenus au 13ème siècle, qui fondèrent un pèlerinage à Müstair. En 1767, des bienfaiteurs offrirent deux nouveaux autels en l'honneur de cette relique; l'un deux est toujours disposé contre la paroi orientale de la chapelle.
En 1799, 41 ans après la construction de la chapelle, l'hostie miraculeuse fut dérobée par les Français lors de la deuxième Guerre de coalition. Il est probable que la chapelle fut aussi endommagée. Ce ne fut qu'en 1838 que le pèlerinage reprit un nouveau souffle, avec la translation d'une image de Notre-Dame des Grâces depuis le village de Santa Maria. Le retable existant fut adapté au tableau datant de 1621.
De nombreux ex-voto sont suspendus à la paroi ouest. Il s'agit d'offrandes présentées dans l'espoir d'un voeu, ou en reconnaissance d'une faveur reçue. Aujourd'hui, les visiteurs peuvent transmettre une requête, des remerciements, une prière ou une demande d'intercession en les inscrivant sur des billets égayés de roses en papier, puis en les accrochant au panneau prévu à cet effet. Les soeurs les déposent régulièrement et associent ces demandes à leurs prières.
En 1904, l'intérieur de la chapelle dut être repeint; le toit avait été défoncé par des paquets de neige tombés en 1902. En 1938, à l'occasion de la commémoration des 150 ans de la translation de l'image de Notre-Dame des Grâces à Müstair, la chapelle fut à nouveau embellie. Josef Malin la dota de stucs et monta une dalle de marbre carolingienne en guise d'antependium devant la base de l'autel.
Entre 1949 et 1951, les fenêtres actuelles furent posées, avec leurs images des saints Placide et Nicolas de Flüe; le sol fut couvert de dalles en granit et les luminaires muraux électrifiés. Durant l'hiver 1994-1995, de l'eau de fonte refoulée par le gel endommagea considérablement les stucs. La réfection du toit eut lieu en 2006 et l'intérieur fut restauré en 2010.
