Le sculture lignee dipinte nel monastero servivano principalmente come immagini d'altare o per la devozione. Due opere scultoree dei periodi romanico e gotico testimoniano questa funzione. La figura di una Madonna con Bambino, databile intorno al 1250, poteva essere essere presente durante preghiere e meditazione delle monache del convento femminile di recente istituzione a  Müstair. Si tratta di una delle poche opere figurative conservate di quell’epoca.

Un tema diverso rispetto alla Madonna con il Bambino è rappresentato da una Pietà della seconda metà del XIV secolo, che raffigura Maria in lutto per la morte del Figlio.

Nel Medioevo era comune posizionare pale d'altare sugli altari. Queste erano spesso dotate di pannelli laterali mobili e per questo vengono chiamate anche "altari a portelle". Nei giorni feriali si poteva tenere chiusa la scena centrale, spesso tridimensionale e molto elaborata, e aprirla solo durante le festività più solenni.

Nel dormitorio si possono vedere due ante di un simile altare a portelle, risalenti probabilmente al 1520 e attribuiti allo scultore Jörg Kändel. Lo stile narrativo delle rappresentazioni è tipico del tardo gotico.

Un insieme pregevole è costituito dalle sculture barocche dello scultore Johannes Patsch. Queste provengono dall'antico altare maggiore della chiesa del monastero, risalente intorno al 1630. L'altare fu sostituito nel 1878 con uno nuovo in stile neogotico, ma le sculture vennero conservate. Oggi rappresentano una delle poche testimonianze sopravvissute dell'opera di Johannes Patsch.

L’elemento centrale dell’altare con la rappresentazione della Madonna del Rosario potrà essere ammirato nella chiesa fino al termine del restauro previsto nel 2026. Altre figure dell’altare sono esposte nel dormitorio all’interno del museo. Tra queste rientrano il leggendario fondatore della chiesa, Carlo Magno, e il patrono della chiesa, San Giovanni Battista.