Bemalte Skulpturen aus Holz dienten im Kloster vor allem als Bilder für den Altar oder die Andacht. Von dieser Funktion zeugen auch zwei Bildwerke aus romanischer und gotischer Zeit. Die Figur einer Madonna mit Kind aus der Zeit um 1250 konnten die Nonnen des jungen Schwesternkonvents in Müstair zur Versenkung nutzen. Sie ist eines der wenigen erhaltenen Bildwerke aus dieser Zeit.

Einen anderen Fokus als das Bild der Gottesmutter mit dem Jesuskind setzt die Darstellung einer sogenannten Pieta aus der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts. Sie zeigt Maria in Trauer über den Tod ihres Sohnes. 

Auf Altären wurden im Mittelalter gerne Altarretabel gestellt. Sie hatten häufig bewegliche Seitentafeln und werden daher auch Flügelaltäre genannt. Mit diesen konnte ein besonders aufwendig gestaltetes dreidimensionales Altarbild im Zentrum an den Werktagen verdeckt und nur an Feiertagen und Hochfesten feierlich offenbart werden. Im Dormitorium sind zwei Flügel eines solchen Flügelaltars zu sehen. Sie stammen wohl aus der Zeit um 1520 und werden dem Bildhauer Jörg Kändel zugeschrieben. Typisch für die Zeit der Spätgotik ist der erzählerische Stil der Darstellungen.

Einen aussergewöhnlichen Bestand bilden die Skulpturen des barocken Bildhauers Johannes Patsch. Sie stammen vom ehemaligen Hauptaltar in der Klosterkirche aus der Zeit um 1630. 1878 wurde der Altar zugunsten eines neogotischen Altarensembles ersetzt. Die Skulpturen wurden jedoch aufbewahrt. Sie sind heute eines der wenigen erhalten gebliebenen Zeugnisse des Werks von Johannes Patsch. 

Bis zum Ende der Restaurierung 2026 kann das zentrale Bild des Altars, die Rosenkranzmadonna, noch in der Kirche bestaunt werden. Weitere Figuren des Altarensembles sind im Museum im Dormitorium ausgestellt. Darunter sind auch der legendäre Kirchengründer Karl der Grosse oder der Kirchenpatron Johannes der Täufer.