Nel chiostro potevano essere sepolti membri della comunità monastica, laici o membri del clero secolare. Gli scavi archeologici condotti su tutta l’area del Monastero di Müstair hanno documentato un totale di 1133 sepolture.
Nel chiostro stesso sono state trovate oltre 130 tombe, per lo più con le teste dei defunti orientate verso est o verso il cortile del chiostro. Queste sepolture risalgono principalmente al periodo romanico fino al tardo Medioevo, quindi circa dal 1200 al 1500. Dal 1878 le sepolture all’interno degli edifici furono proibite.

Nel 1986, presso l’ingresso dell’annesso nord gli archeologi scoprirono la tomba di un alto dignitario ecclesiastico (N404), risalente al X-XI secolo. Come corredo funebre furono ritrovati un calice e una patena in formato miniatura, oggetti utilizzati dai sacerdoti durante l’Eucaristia, la trasformazione del vino e del pane in sangue e corpo di Cristo.
Sul calice si trovano tracce di un’iscrizione: […](R)TPERTS. Potrebbe trattarsi di uno dei vescovi di Coira, Hartpert(us) (†971) o Nortpert(us) di Hohenwart (†1088). Calice e patena sono esposti nella cantina della Torre Planta, alla fine del chiostro.

Sul muro orientale del chiostro, vicino alla giunzione tra chiesa conventuale e Torre Planta, si trova un’iscrizione frammentaria dell’XI secolo. Sebbene conservata solo in parte, gli archeologi ritengono che faccia riferimento a sepolture avvenute in quel luogo.

+ [. . .] QU[.] CERNV[NT]V[R] SVN[T . . . T]RANSIR[E]

NAM TERRA[M] REPETVNT DE QUA PR[. . .]

V[N]DE MEANDO V[. . . . . . . . . . . . . . ] TIBI PRE[. . .]

QVAE BREVITATE CA[.]C[. .]DV[. .]S[. . . . . . . ]

HEC QVOS TERRA PR[E]M[I]T M[. . . . . . .]

ALTER ERA[T . . .] CE[. . .]ICTVS [. . ]AL[T]E[. . . ]

[. . . . . . . . . . . . . .]E[ . .]AN[. . ]LEGIS DE[. . . . . . . . . . . . . .]

OBLITI MISERE HV[I]V[S] M[. . . . . . . ]NCAN[. . .]

H[. . . . . . . . . . ]A P[.]TITO [. . . . . . . . . . . . . .]

[. . . . . . . . . . . . . .]NA[.] LOCET IN [. . . . .]

Sopra la porta dell’annesso nord si trova il negativo di una scena della Crocifissione, a ricordo della morte di Cristo sulla croce.