Secondo la leggenda, Carlo Magno fu sorpreso da una tempesta di neve sul passo dell'Umbrail dopo la sua incoronazione come re dei Longobardi e si salvò. In segno di gratitudine, si dice che abbia fondato il monastero di San Giovanni, di cui testimonia la statua di stucco nella chiesa. Fondato come monastero, divenne un convento femminile a partire dal XII secolo. Il monastero è sempre stato abitato durante i suoi 1200 anni di storia.
Müstair è il villaggio più orientale della Svizzera. L'omonima valle si apre verso la Val Venosta in Sudtirolo. Nella valle si parla il romancio, infatti il toponimo Müstair deriva dal latino "monasterium", che significa monastero. Il monastero ha quindi dato il suo nome al villaggio e alla valle.
Nei suoi 1200 anni di storia, il monastero non è mai stato completamente distrutto ma solo parzialmente ricostruito. Così, il complesso monastico si presenta oggi come un conglomerato di edifici dei più diversi stili architettonici di diverse epoche, che si integrano bene tra loro. La chiesa e la cappella della Santa Croce sono ancora conservate dal periodo di fondazione (VIII secolo). La torre Planta del X secolo e la residenza vescovile dell'XI secolo sono solo alcune delle attrazioni architettoniche del complesso monastico.
Nel 1983, il monastero di San Giovanni è stato aggiunto alla lista del patrimonio mondiale dell'UNESCO. A quel tempo il complesso del monastero era fatiscente. Suor Pia Willi, priora del convento dal 1986 al 2013, ricorda che all'epoca i tetti perdevano e che le suore dovevano predisporre diversi contenitori quando pioveva. Lei stessa, così come le sue consorelle, erano stupite che un monastero così fatiscente fosse stato elevato al rango di patrimonio mondiale dell'UNESCO. Tuttavia, la Fondazione Pro Monastero San Giovanni di Müstair si occupava già dal 1969 della ristrutturazione e della conservazione del complesso monastico.
I dipinti murali nella chiesa del monastero sono stati decisivi per l'inclusione nella lista del patrimonio mondiale dell'UNESCO. Sono il ciclo di affreschi più grande e meglio conservato dell'alto medioevo. Con il tempo e grazie alle ricerche archeologiche sul posto, sono stati scoperti altri capolavori della storia dell'architettura: la torre Planta come la più antica torre residenziale e difensiva della regione alpina, la cappella carolingia della Santa Croce, la residenza vescovile romanica, per citare solo i più importanti.