Le couvent bénédictin de Müstair fut inscrit sur la liste du Patrimoine mondial de l'UNESCO lors de la 7ème session du Comité du Patrimoine mondial, du 5 au 9 décembre 1983 à Florence. Durant la même session furent également classés le périmètre de l'abbaye de Saint-Gall et la vieille ville de Berne, mais aussi des sites prestigieux tels que le Taj Mahal ou Machu Picchu.
Le couvent du Müstair témoigne d'une époque faste de la chrétienté autour de l'an 800, et constitue un héritage culturel de portée universelle. Il s'agit bien plus que d'un monument: c'est un bien culturel vivant. Aujourd'hui encore, des soeurs vivent en ces lieux au rythme du „ora et labora et lege“ bénédictin.
Le fait que tout le complexe monastique - et pas seulement l'église - ait été mis sous protection se révéla pertinent. L'abbatiale héberge le plus important cycle de fresques du Haut Moyen Âge conservé au monde, et les peintures carolingiennes et romanes méritent certes leur renommée. De plus, l'église abrite la plus ancienne statue monumentale connue de Charlemagne; elle était polychrome à l'origine. Mais la recherche archéologique a permis d'autres découvertes sensationnelles. La chapelle de la Sainte-Croix, que l'on pensait romane, se révéla être un vrai chef d'oeuvre d'architecture et d'art carolingiens. La tour Planta ne fut pas construite par l'abbesse Angelina Planta à la fin du XVème siècle, comme on l'imaginait, mais bien au 10ème siècle, en tant que refuge et résidence. Ce donjoun est un cas unique dans l'historie des tours fortifiées. La résidence épiscopale du 11ème siècle est en bonne partie conservée, et renferme la gracieuse chapelle à deux niveaux St-Ulrich et St-Nicolas.
Ces fouilles de longue haleine ont conduit à une compréhension approfondie du développement du complexe monastique, et apportent régulièrement de nouvelles connaissances et des résultats qui forcent l'admiration.
Hans Ruthishauser, conservateur des monuments historiques, justifie l'inscription en ces termes: „Le monastère Saint-Jean de Müstair est un exceptionnel témoin d'art et de culture carolingiens. L'église à trois absides est intégralement conservée, à l'exception du plafond plat et de la charpente; elle est ornée de fresques carolingiennes. L'unité entre l'édifice carolingien et son décor intérieur est sans pareille en Europe. Au sein de l'enceinte monastique se trouvent en outre des vestiges encore largement inexplorés du monastère carolingien. Les fouilles en cours apportent des connaissances fondamentales quant à l'histoire monumentale du couvent. Celui-ci conserve en outre d'importants aménagements du Haut Moyen Âge, mais aussi du gothique tardif comme de l'époque baroque.“ (H. Rutishauser, 8.11.1982, in: Convention concerning the Protection of the World Cultural and Natural Heritage. Nomination to the World Heritage List).
La Fondation "Pro Kloster St. Johann in Müstair" et l'Association des Amis du monastère soutiennent le travail des nombreux spécialistes au service du monastère, s'assurant que ses trésors artistiques soient conservés, restaurés et étudiés, et que les résultats de ces recherches soient rendus accessibles au public.
D'autre part, les échanges avec d'autres sites du Patrimoine mondial de l'UNESCO sont importants. En Suisse, des rencontres régulières ont lieu entre représentants de ces sites. La plateforme touristique "UNESCO Destination Suisse" s'efforce de faire connaître les sites helvétiques du Patrimoine mondial. Le couvent Saint-Jean de Müstair entretient de plus un partenariat avec le monastère de Lorsch en Allemagne, qui appartient lui-même au Patrimoine mondial de l'UNESCO.
