Con la scoperta dei famosi affreschi alla fine del 19. secolo e dopo la loro completa liberazione dall'intonaco negli anni 1947-1951, il coordinamento dei lavori e il finanziamento dei restauri sorpassano le capacità del convento. Per questo motivo il 16 maggio 1969 è stata creata a Müstair la Fondazione Pro Convento S. Giovanni, una fondazione non confessionale.