Seit der Entdeckung der weltberühmten Fresken am Ende des 19. Jahrhunderts und nach deren vollständigen Freilegung in den Jahren 1947-1951 überstiegen der Koordinationsaufwand für die Restaurierungsarbeiten und der Finanzbedarf die Möglichkeiten des Klosters. Deshalb wurde am 16. Mai 1969 die überkonfessionelle Stiftung Pro Kloster St. Johann in Müstair gegründet.